1 апреля 1999г. решением Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и Священного Синода Русской Православной Церкви, согласно рапорту епископа Южно-Сахалинского и Курильского Ионафана, преподано благословение на преобразование Свято-Покровского прихода в г.Корсакове в Свято-Покровский мужской монастырь. Наместником обители был утвержден игумен СОФРОНИЙ (Шпак Сергей Петрович).

30 августа 2000г. исполняющим обязанности наместника Свято-Покровского мужского монастыря был назначен иеромонах ИОАСАФ (Сорокин Иоасаф Николаевич).

В феврале 2002г. исполняющим обязанности наместника Свято-Покровского мужского монастыря был назначен иеромонах АМВРОСИЙ (Ковалев Алексей Владимирович).

В июле 2005г. исполняющим обязанности наместника Свято-Покровского мужского монастыря был назначен игумен ВИТАЛИЙ (Кларитский Станислав Николаевич).

С 16 марта 2006г. по 25 августа 2020г. руководителем Монастыря назначен Игумен СЕРАФИМ (Скипин Владимир Николаевич), 28 декабря 2017г. утвержден игуменом Монастыря (Журнал № 136 заседания Священного Синода РПЦ (МП) от 28.12.2017), 25 августа 2020г. освобожден от обязанности руководителя Монастыря (Журнал № 72 заседание Священного Синода РПЦ (МП) от 25.08.2020). 

С 26 августа 2020г. исполняющим обязанности наместника монастыря назначен иеромонах Алексей (Андреев Алексей Андреевич)